1993年12月31日，杭州九源基因工程有限公司在杭州市高新技术开发区注册。

　　1994年4月，九源的研究人员从中国人的白细胞中成功克隆到G-CSF基因，经体外重组，构建了高表达的工程菌。又经过300多天的艰苦攻关，终于实现了工程菌的高密度培养、表达蛋白的复性和分离纯化，获得了合格的原料，并灌装成G-CSF注射剂，取商品名为“吉粒芬”，进入临床前研究。

　　1995年12月21日，应临床医院的要求，公司五位员工在医生的监护下先在自己身上打了一针“吉粒芬”。试验结果显示，２４小时后，平均白血球的数量从５２００个升到２０９００个，既有效又安全。为此，有媒体热情地称之为“中国第一针”。

　　1996年2月10日，九源主厂房和办公楼土建封顶。公司采用的这种“同步开发、同步建设”的超前方针，为九源抢回了944天的宝贵时间。

　　1996年10月14日，卫生部向九源公司颁发了中国第一个rhG-CSF注射剂--“吉粒芬”的试生产文号和新药证书，正式宣告中国第一个重组人粒细胞集落刺激因子的诞生，使我国成为当今世界上继美国、日本之后第三个能大批量生产这种药品的国家。

　　1996年10月26日，杭州九源基因工程有限公司举行隆重的开业典礼。浙江省人大常委会副主任李德葆、浙江省副省长叶荣宝出席了典礼。从此，这一天被列为九源纪念日。

　　1996年11月19日，国家科委副主任邓楠视察九源。

　　1997年4月5日，国家医药管理局有关职能部门在杭州举行“吉粒芬”开发成果鉴定会，以著名的遗传学家谈家桢院士为代表的专家委员会对“吉粒芬”的生产工艺、质量、临床研究资料等方面进行了审核和实地审核。专家委员会最终认定：一、“吉粒芬”生产关键技术独创，技术指标达到国际水平，填补了中国国内空白。二、“吉粒芬”的生产、检测条件稳定、成熟、可靠，成品理化性质、纯度和生物学活性等各质量指标与日本同类进口品相同。三、“吉粒芬”临床研究证明安全有效，对癌症治疗所引起的中性粒细胞减少症有显著疗效，并无明显毒副作用，与日本进口品相似。“吉粒芬”的生产技术和质量指标均已达到国际水平。

　　1997年4月，“复旦大学谈家桢基金九源奖学金”在杭设立并举行了第一届颁奖典礼，这是由九源公司设立的全国第一个用于奖励我国生命科学领域的优秀在读研究生的奖励基金。

　　1997年9月5日，卫生部向九源公司颁发了国内第一个低分子量肝素钠 “吉派林”新药证书。“吉派林”的研制成功填补了国内空白，结束了临床上依赖进口品的历史。

　　1997年9月-10月，为庆祝公司成立一周年，九源举办了首届九源文化节。并确定为九源一年一度的重大节日。

　　1997年10月23日，全国人大常委会委员长乔石在浙江省省委书记李泽民、省长柴松岳的陪同下视察了九源，并为九源题词：“锲而不舍、追求卓越，创一流基因工程药业”。

　　1998年4月，卫生部向九源颁发了“吉粒芬”正式生产文号，这标志着“吉粒芬”生产工艺的最终完善。“吉粒芬”当年即实现销售收入4800万元，利润1500万元。

　　1998年6月28日，“吉派林”获得卫生部批准正式生产、上市。

　　1998年8月，由九源基因、中国生物学会、浙江省证券公司联合发起的“人类基因组后中国基因工程产业化研讨会”在杭州召开。该会议推动了中国参与人类基因计划的进程，引起了社会各界和海外科学界、新闻界的重视。

　　1998年9月，中国第十五届戏剧梅花奖“九源基因”杯在杭颁奖，九源全额赞助了此次活动，留下了民族高科技和民族文化相结合的一段佳话。

　　1999年3月，九源药品GMP认证获得国家药品监督管理局通过。成为中国少数几家通过GMP的药厂之一。

　　至1999年10月，公司研究和开发的领域已扩展到致病基因研究、中药有效成份分离、药物计算机设计、高通量药物筛选、蛋白药物缓释剂、基因工程疫苗、超极限酶技术、化学合成药物、功能食品、医疗器械等领域，同时正在运用基因工程技术开发食品和饲料等新产品。IL-11的开发已获重大突破。

　　2000年2月，周金宝先生担任公司第二任总经理

　　2000年6月29日杭州市医药管理局主持召开了杭州市生物工程风险资金项目论证会，对九源公司“重组人白细胞介素11（rh-IL11）及其酵母表达系统的开发”的风险资金申请项目进行了论证。7月15日，杭州市生物基因工程产业化风险管理小组组长，杭州市医药管理局局长陈大钧主持了小组会议，会议认为：rh-IL11项目有成熟的市场，有独特的工艺路线，有健全的营销网络，该项目的工艺已达到国际先进水平，是一个高科技、高投入、高回报的项目，基本同意企业申请的贷款，三年全贴息，逐年考核、动态跟踪。

　　2000年8月17日，为全面考察我市的技术创新工作，了解技术创新方面的典型经验和存在的问题，杭州市委书记王国平、市长仇保兴、副市长金胜山等领导莅临公司参观、考察，开发区及市有关部门负责人陪同考察。

　　2000年9月，经过半年多的共同努力，400平方米的的研究所新实验室正式启用。新实验室包括四部分：发酵工程室、细胞基因工程室、蛋白药物制剂室和天然药物研究室，这样结合原实验室的微生物基因工程室和蛋白工程室，九源研究所建成了完整的基因工程药物研究、开发基地，同时也向新的领域——天然药物研究迈出了第一步。

　　2001年1月5日，吉粒芬在干细胞移植中的临床应用中期总结会在上海扬子饭店举行，与会专家就吉粒芬近几年来的临床应用状况展开讨论，一致认为吉粒芬在干细胞移植过程中是有效和安全的（疗效和安全性与进口产品相同，而费用可降低一半左右）；同时，在干细胞移植后，应用吉粒芬还可以促进粒细胞造血功能的恢复。

　　3月31日上午9时整，第四届复旦大学谈家桢基金生命科学九源奖学金颁奖会在浙江世界贸易中心举行。中国现代遗传学奠基人、中科院院士、92岁高龄的谈家桢先生亲临会场颁奖，浙江省、杭州市有关领导叶荣宝、丁德明、李明发等到会祝贺并致辞。本届奖学金共有37位来自全国各大知名院所的从事生命科学研究的青年学生获奖，其中博士34位，硕士3位。

　　4月3日上午，现代遗传学奠基人、著名科学家、中科院资深院士谈家桢先生及夫人访问九源。 谈老就我国有关生物基因工程产业的发展谈了他自己的看法，他强调“今天的科学，明天的技术，后天的产品”是生物基因工程产业化的基本思路，只有当我们的技术转化成有市场需求、能满足市场需要的产品时，这样的技术成果才能真正发挥它的价值、才有意义。谈家桢先生还指出，我们必须重视生命科学领域的基础研究，这是我们走产业化道路的前提和基础，只有当基础研究取得突破时，前沿产业才能有新的技术成果；他同时指出，我们做科研，我们要技术创新，必须注重青年人才的培养，提高他们的科研水平。他对九源设立奖学金支持生命科学领域基础研究和鼓励青年学生的做法给予高度肯定。

　　5月21日至5月24日，中国抗癌协会第三届全国血液肿瘤会议暨中华医学会血液学分会造血干细胞学术会议在杭州召开，来自全国各地血液学专家600多人出席了大会。九源基因赞助参加了本次盛会。公司通过此次会议充分展示了九源公司科研实力与学术氛围，展现了九源基因美好的发展前景，同时进一步增进了公司与全国血液病专家的友谊。

　　6月10日，九源基因和中美华东联合捐助小沈丹。身患白血病、命运离奇的5岁女孩沈丹的故事在杭州日报（下午版）上连续报道后，在社会各界引起了较大的反响，同时也引起了我们九源基因工程有限公司领导的关注。在得知小沈丹在进行脐带血移植手术后，公司立即决定无偿向她提供手术后所需的促进白细胞增长特效药物--吉粒芬；同时向小沈丹提供捐助的还有中美华东制药公司。这次捐助的药物总价值3万元，可以基本满足病人手术后的辅助治疗，帮助病人恢复。这也是九源基因和中美华东首次将药物用于脐带血移植病人。

　　8月2日，杭州生物医药孵化器有限公司注册成立。杭州生物医药孵化器有限公司是经杭州市人民政府有关部门批准，由杭州市经济技术开发区招商中心、华东医药股份有限公司、杭州九源基因工程有限公司共同出资组建的生物医药专业孵化器。公司注册资金1500万人民币，建成后孵化面积11000平方米，配有“基因工程中心研究室”，种子基金作项目启动支持，诱人的优惠政策，全面的服务，广泛的战略联盟，采用企业化运作方式，是生物医药企业和企业家的摇篮。

　　2002年1月4日，新年的第一个工作日。这一天，我公司研发的生物制品第二类新药：重组人白细胞介素-11获得由国家药品监督管理局药品注册司颁发的临床研究批件。白介－11作为国家重点发展的新药之一，其主要功能在于造血调控作用，它能刺激人的造血祖细胞和巨核细胞前体的分化并诱导巨核细胞的生成和成熟，最终导致血小板数量的增加。临床研究还将就白介－11对肾脏、肝脏和血液系统等的影响进行研究。白介－11的研制成功将可以有效解决由放化疗引起的血小板严重减少的问题，为广大患者带来健康福音。

　　2002年1月，经国家人事部批准，杭州九源基因工程有限公司-杭州生物医药孵化器有限公司设立企业博士后科研工作站，成为浙江省生物医药行业第一批博士后工作站。博士后科研工作站的建立，将有效促进人才、科研成果与市场的结合，加快产业化进程，推动高层次人才的培养，实现公司在生物医药领域的快速发展。

　　2003年9月18日，促血小板生成药-注射用重组人白细胞介素-11（商品名：吉巨芬）获国家食品药品监督管理局签发的新药证书和生产批文，标志着九源的第三个产品正式诞生。